ทะเลสาบแอบเบ้ตั้งอยู่ที่ทางแยกของแผ่นเปลือกโลกโซมาเลีย อาหรับ และนูเบีย ยังเป็นที่รู้จักกันในนามอะฟา เดอ เพรสชั่นภูมิภาคนี้เป็นที่ตั้งของตัวอย่างฟอสซิลของมนุษย์ที่เก่าแก่ที่สุดและเชื่อว่านักบรรพชีวินวิทยาบางคนเป็นแหล่งกำเนิดของอารยธรรม ลักษณะเฉพาะของทะเลสาบเป็นผลมาจากแผ่นเปลือกโลกใต้ดินค่อยๆ แตกออก ทำให้เปลือกโลกใต้ทะเลสาบแอบเบะบางลงอย่างต่อเนื่อง

ขณะที่แผ่นเปลือกโลกเหล่านี้ค่อยๆ เคลื่อนออกจากกัน สปริงใต้น้ำยอมให้แมกมาหลบหนีผ่านรอยแตกบางๆ ที่อยู่ลึกลงไปในทะเลสาบ ตะกอนทราเวอร์ทีน (หินปูนที่อุดมด้วยแคลเซียมซึ่งได้รับความร้อนจากภูเขาไฟ) ได้สร้างปล่องไฟทะเลทรายขนาดมหึมาเป็นเวลาหลายพันปี ซึ่งมองเห็นได้เฉพาะเมื่อระดับน้ำในทะเลสาบลดลงสองในสามในปี 1950 เมื่อมันถูกปล่อยทิ้งไป เพื่อการชลประทาน